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理工學院 
‧應用數學系 學士班數學科學組學士統計組 / 統計碩士班 / 應數碩士班 / 博士班 
‧物理學系 學士班物理組 / 學士班奈米與光電科學組 /  碩士班 / 博士班
‧生命科學系 學士班 / 博士班 /  碩士班
‧化學系 學士班 / 博士班 /  碩士班
‧電機工程學系 學士班 / 博士班 /  碩士班
‧資訊工程學系 學士班(含國際學士班) / 博士班 /  碩士班(含碩專、國際碩士班) / 網路多媒體科技碩士班
‧材料科學與工程學系 學士班 / 博士班 /  碩士班
‧光電工程學系 學士班 / 碩士班
管理學院 
‧高階經營管理   碩士在職專班
‧企業管理學系暨
    運籌管理研究所
企管學士班 /
企管碩士班 / 企管國際碩士班 / 企管碩專班 / 運籌管理碩士班 / 
企管博士班經營管理組企管博士班資訊管理組 /  企管博士班會計組
企管博士班財務金融組企管博士班國際企業組企管博士班運籌管理組
企管博士班觀光遊憩組
‧國際企業學系 學士班 / 碩士班/ 碩專班 / 國際碩士班
‧會計學系 學士班 / 會計與財務碩士學位學程
‧資訊管理學系 學士班 / 資訊管理碩士學位學程
‧財務金融學系 學士班 / 碩士班
‧觀光暨休閒遊憩學系         學士班
人文社會科學學院 
‧中國語文學系   學士班 / 民間文學碩士班 / 碩士班 / 語文科教學碩士班
‧社會暨公共行政學系暨
  公共行政研究所
學士班
碩士班國家行政與公共政策組 / 碩士班大陸與兩岸事務組 / 碩士班大陸與兩岸事務組
碩專班 / 社會學碩士班
‧財經法律研究所 碩士班
‧英美語文學系 學士班 / 碩士班文學與文化研究組 / 碩士班英語教學組
‧華文文學系 學士班 / 碩士班文學暨文化研究組 / 碩士班創作組
‧經濟學系 學士班/ 碩士班
‧臺灣文化學系 學士班 / 碩士班
‧歷史學系 學士班 / 碩士班
‧諮商與臨床心理學系 學士班 / 碩士班
原住民民族學院 
‧族群關係與文化學系  學士班 / 碩士班 / 碩專班 / 博士班
‧民族發展與社會工作學系 學士班 / 碩士班
‧民族語言與傳播學系 學士班
花師教育學院 
‧課程設計與潛能開發學系   學士班 / 多元文化教育碩士班 / 多元文化教育博士班
科學教育碩士班 / 科學教育博士班
教育碩士班 / 教育碩專班 / 教育博士班
‧教育行政與管理學系 學士班 / 碩士班 / 碩專班
‧特殊教育學系 學士班 / 身心障礙與輔助科技碩士班
‧幼兒教育學系 學士班 / 碩士班(含碩專班)
‧體育與運動科學系 學士班
藝術學院 
‧藝術與設計學系 學士班 / 碩士班         
‧音樂學系 學士班 / 碩士班
‧藝術創意產業學系 學士班 / 視覺藝術教育碩士班 / 民族藝術碩士班
環境學院 
‧自然資源與環境學系 學士班 / 碩士班博士班